试图打造基因大数据的云生态,安诺云会加速安诺优达的“解读”吗?

作者:周梦亚 2017-03-24 08:00

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2014年人类全基因组测序成本降低至1000美元,全球基因检测领域迎来了第一个春天,中国的基因检测市场更是爆炸式增长。2017年,Illumina再次将全基因组测序成本降低到800美元。测序成本降低的同时,全世界的基因组数据也在以超摩尔比速度增加。基因数据的计算与解读一直都是基因检测的重要环节。在数据激增的情况下,如何更快速,更准确的进行数据分析和解读,将是基因检测领域下一个命题。借此契机,动脉网将推出“基因&数据”系列报道,详情可持续关注。

20168月,安诺优达基因大数据分析云平台安诺云在阿里云云栖大会发布。作为项目负责人,杨吉涛在发布会上对云平台做了现场报告。多年前,也许这个纯IT出身的理工男怎么也没想到自己会跟生物技术扯上什么关系,更别说是基因组学。

 

杨吉涛告诉动脉网,从IT跨界到基因组学,其实是受到朋友的影响。杨吉涛有几位生物信息领域的朋友,耳濡目染下他对测序行业产生了兴趣。“有挑战,但又有意义。”他这样告诉记者,语气中仍旧透着程序员的特性,平静而坦诚。

 

借助IT手段,让数据分析门槛再低一点

 

2015年,杨吉涛正式从纯IT行业跨到了基因检测领域,相比纯生物专业,他更能捕捉到信息学和大数据在基因测序领域的应用前景和趋势。


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安诺云项目负责人杨吉涛博士


中国的基因测序行业发展迅速,大大小小的公司怎么说也有几百家,水平也参差不齐。测序样本数据产生后,首先要通过与原始样本数据进行分析对比,找到突变位点,在这个基础上再对数据进行解读,最终才能产生终端用户可用的结果。每个样本产生的数据规模都比较大,需要建立一个高性能的计算集群才能实现。

 

对于安诺优达这样比较大的平台来说,自行建立数据计算所需的集群当然是没问题。但对于一些比较小的企业,根本承受不了高性能计算环境建设和维护所带来的费用。另一方面,随着测序成本的下降,测序数据的体积也在不断增大,数据的长期存储、传输和分发也非常具有挑战性。尤其是一些面向国外用户的测序服务,数据传输和分发就更加困难。

 

除了基因检测公司,医院和科研人员也有非常大的数据分析解读需求。但尴尬的是,这些机构并不太愿意投入大量的人力物力到分析软件撰写和本地数据集群的建设。“所以我们就想能不能把这个能力教给他们。”语气依然波澜不惊,但他表示,他希望借助IT的手段,让数据分析的门槛再低一点。

 

云平台建设,人才融合是第一步

 

说干就干,领着一帮IT和生物信息领域的人才,杨吉涛决定从云端入手。2015年下半年,安诺优达云项目正式开工。杨吉涛回忆,云平台的建设涉及到很多技术层面的难题,但更让人头疼的是如何把来自多个领域的人才融合到一起。IT领域的人才并不懂生物学,而生物学的人才在IT方面又所欠缺。如果各领域的交流存在GAP,后续是没有办法顺利开展的。因此,团队融合是第一步。“云平台的建设需要各领域的融合,没有人才是做不到的。”他表示。

 

这一步完成后,后续的发展就要容易得多。差不多一年的时间,安诺云的建设就基本完成,2016年8月,产品正式上线。

 

目前,国内的云平台大致可分为两类,一是比较偏IT属性的专职云平台,多以PAAS为主,为没有那么强IT能力的公司提供一个云环境;另外则是基因测序公司,云平台则是作为平台下的一个产品,云服务更偏SAAS。很明显,安诺云属于后者。

 

安诺云:一键分析和精准解读

 

安诺云强调一键分析和精准解读。一键分析指通过一次点击实现数据分析,简化原有的分析流程;另外一方面就是精准解读,产品最终面向的是终端用户,解读的精准程度直接影响到后续任务能够完成。

 

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除了团队开发的分析软件,云平台还向用户开放安诺优达多年积累的内部软件。同时,平台还向用户提供传输专线,为用户提供更好的数据分发服务。“没有专线的话,传输会很慢,这算是云平台的一个弊端吧。”杨吉涛向记者解释。


公司平台本身就有科研服务,自然而然的也就为云平台带来了许多科研院所的合作机会。除此以外,安诺云还寻找到了很多医院的合作。与科研院所不同,临床医院的医生并非都是遗传学专家,因此针对临床端的数据解读往往更复杂。

 

杨吉涛认为,临床医生这个环节是帮助患者实现精准医疗的关键。医生其实很愿意基因组学能在临床有所作为,但要想把基因组学数据变成临床可用的资源,还需要把解读做的更深入一些,一方面是突变位点与疾病的关系,另外是靶向药物的寻找。“在我看来,如果要对医院提供更好的服务,就要把临床解读做的更精细,给医生临床指导和参照,帮助患者获得更精准的治疗。”他还透露,为了帮助用户实现更精准的数据解读,公司还把自己多年积累的数据库也“搭”了进去

 

持续探索,是不安现状还是躁动?

上线半年多,安诺云仍在根据用户和市场的需求不断的更新。“从目前的用户反馈来看,整体发展趋势符合我们的预期。但我们还是要根据市场需求进一步去探索。”说道这里,杨吉涛的语气难得的出现了些许波动。

 

云平台在一定程度上降低了数据分析和解读环节的门槛,但对于一些用户来说,还需要把事情变得更简单。另一方面,他们也发现市场上的一些高级定制化服务的需求。基于此,除了云平台,安诺优达也在尝试其他渠道。一方面,公司正在投入一体机的开发,希望透过将数据分析解读环节直接架设到当地,通过一站式服务,弥补云平台在数据传输环节的缺陷。另外,针对市场的高定制需求,简单的产品并不能满足他们,将来公司提供面向专业IT人员和生物信息人员的定制化服务。

 

杨吉涛告诉记者,他希望能够通过云平台,打造一个面向基因测序服务的云生态。从样本试验的追踪管理,到数据的存储分析和解读,再到报告的产生和数据分发以及客户管理,在云端构建一个全方位的一站式信息化服务,能够给用户提供测序以外的所有信息化服务。

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