骐骥生物联手质谱巨头Waters,推出组学和临床数据场景化分析利器

作者:杨娟 2018-09-10 19:21

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动脉网(微信号:vcbeat)获悉,2018年9月9日,由北京骐骥生物技术有限公司(简称“骐骥生物”)和沃特世科技(上海)有限公司(简称“Waters”)主办的Qi MetA软件全球发布会在北京举办。来自临床、科研和投资等多领域的50余人参加了此次活动。


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发布会现场

 

随着多层次的组学包括代谢组学的研究展开,高通量的数据收集已经可以实现,但是与其他的组学学科相似,代谢组学的数据分析仍是难题,尤其是数据到底意味着什么。因此数据的挖掘以及场景化分析,已经成为各领域学者和用户面对生物学研究,特别是代谢组学研究的最大瓶颈。


基于此,骐骥生物携手Waters历经3年,推出适用于组学和临床数据的一站式分析的软件Qi MetA。据悉,该软件已具备完全商业化的客户端和分析平台。


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强强联手,助力质谱数据分析


骐骥生物是国内领先的以代谢病研究为核心的国家高新技术公司,拥有两个医学检验所,一个科研中心,一个大数据中心。公司致力于用现代生物技术和机器学习技术解决代谢病的早期检测与临床诊断,发现和验证临床标志物与模型,进行临床检验、体外诊断和大数据分析,实现精准医疗,开启人类健康未来。公司现已与北大、清华、中科院、三甲医院等100多家单位建立了合作,也与国内外的知名公司建立了深度合作。


Waters公司作为国际色谱和质谱的领导者,一直专注于为实验室相关机构开发和生产先进的分析和材料科学技术。60年来,公司开发出一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术。Waters为高通量数据提供创造工具,同时也致力于推动数据分析和挖掘手段的不断更新和进步。


此次,骐骥生物与Waters强强联手推出Qi MetA软件,旨在服务全球更多的用户,并推动质谱数据分析更高效、更准确、更便捷,建立标准化的数据分析流程。


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骐骥生物董事长 王文军


骐骥生物董事长王文军表示,多年前在工作中遇到了很多数据分析问题,但没有一款产品能够解决所有问题。Qi MetA软件能够提供一站式数据分析,一步法数据前处理方案,常用统计分析全覆盖,提供贴合场景的可视化方案。骐骥生物已经成立5年多了,从科研服务走到临床服务,目前已建立两所医疗诊断所。未来骐骥生物还将在这方面做更多的拓展性工作,让软件增加更多的功能,更深入、更广泛的挖掘数据之间的价值,链接数据与业务之间的关系,让数据真正服务于人类的健康。


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Waters公司临床市场部高级经理 谭晓杰


Waters公司临床市场部高级经理谭晓杰也表示,Waters与骐骥生物已经是多年的老朋友了,不仅积累了友谊,也积累了大量合作和实战的经验。现在,健康中国2030是整个国家的主题,随着逐渐进入老龄化社会,糖尿病等慢性病人群已达到1.17亿,60岁以上人口达2.7亿,大病、慢病给家庭成员的健康带来了威胁和挑战。Waters一直致力于色谱和质谱的研究,在软件方面也有投入,单一指标对于疾病的描述是远远不够的,在液质联用领域,一个样品能够生成几万个数据,解析几万个数据又变的很复杂。


与骐骥生物的合作过程中,大数据的处理能力在这个新的Qi MetA软件上又进一步得到了提升,这个产品的特点在原有的基础上更加贴近本地化的场景,相信这个软件在未来不断迭代的过程中,一定会更精准的治疗,而且可视化程度更强,给出非常漂亮的答卷。


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关于Qi MetA软件


骐骥生物的陈显扬博士对新产品——Qi MetA软件进行详细介绍。他表示,基因测序以及质谱分析作为能解释“这是什么”的两大工具已经深入到科学研究,特别是生物学研究的各个领域。骐骥公司的数据团队贴近质谱应用场景,研究质谱用户的使用逻辑,开发出了Qi MetA数据分析软件,不仅符合生物学分析人员的需求,也无缝对接Waters的代谢组学工作和Progenesis QI软件,形成一站式分析平台。


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骐骥生物 陈显扬博士

 

Qi MetA是一个视窗化的数据处理和分析软件, 应用于代谢组学和临床数据的分析,但功能也可以扩展到生物学数据分析和可视化的多个方面。适合于一站式代谢组学分析、临床数据分析,以及单独的生物学项目分析。它独有的特点和功能主要包括:


第一,可以直接应用沃特世公司Progenesis QI软件导出的数据,直接进行处理,获得可供分析的标准化数据;自动进行以QC为标准的数据筛选,包括0值筛选,CV筛选和LOESS回归。并自动提供QC的PCA以及样本+QC的PCA分布;


第二,软件不仅可以获得单因素下两组数据差异分析所有统计学指标,更可以进行n组的比较,得到整组的p值以及组间的p值;


第三,Qi MetA针对单变量进行回归分析,同时可以批量针对所有变量进行R2筛选;使用HMDB和Lipidmaps全库,对鉴定的化合物进行分类和比例变化分析;


第四,软件提供单/多组(偏)最小二乘法判别分析(O)PLS-DA的快速切换;(O)PLS-DA 提供permutation结果以及cross-validation功能;通过Vip、p value、fold、fdr参数阈值设定,一步法获得潜在生物标志物;


第五,在软件中,可以自动或者手动快速建立:逻辑回归(logical regression),决策树(decision tree),随机森林(random forest),Bagging,支持向量机(support vector machine)以及GBM(gradient boosting machine)模型;自动或者手动给出以上各种模型的ROC曲线以及模型评价参数;对潜在的生物标志物组合提供7种可选模型,并同时可以进行4种模型ROC和评价;


第六,Qi MetA针对不同场景,不仅可处理代谢组学和脂质组学等组学数据,同时也可以处理临床数据和其他生物学数据;每次分析按照项目分类,历史记录查询以及断点工作继续非常方便;浏览、处理、浏览、处理 …… 透明化的流程使结果更加可信。


“Qi MetA软件的发布,是骐骥数据分析和利用工作的第一步,也是骐骥和Waters共同探索和挖掘数据价值的开始。未来,骐骥会在Qi MetA的数据分析平台上,开发更多的场景化应用,形成医疗软件,更深入探究数据价值,提供更有效的数据解决方案,包括数据前处理的功能拓展、生物学功能的深入阐述、生物知识图谱的研究。”陈显扬说道。


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投资人和专家纷纷看好


另外,在本次发布会上,来自远毅资本、中国中医科学院中药研究所、中国农业科学院、清华大学第一附属医院以及京东医疗云的投资人和专家也分别提出了自己的观点和疑问。


远毅资本副总裁宋依然介绍道,远毅资本是一家国际风险投资基金,专注于投资医疗健康和创新金融技术领域的早期和成长期企业。公司从去年年底开始接触到骐骥生物公司,到今年初完成了投资。骐骥生物在代谢组学技术方面做的十分扎实,拥有创新性的临床开发能力,在数据分析方面有着独到的见解和经验。希望这次合作,能够真正帮助用户解决临床的问题,最终服务于人类的健康。


中国中医科学院中药研究所徐江博士认为该软件非常“软”,贴近用户需求,让数据分析不再是工作的瓶颈问题。在问到基因组学的研究是否可以使用Qi MetA软件时,骐骥生物研发团队表示,Qi MetA中的“Met”不仅仅指的是“Metabolism”即代谢,同时也是指“Methodology”。尽管Qi MetA是以代谢研究为开发核心场景,但是我们也重在方法学的提炼和场景的扩大。目前软件里面的大部分功能同样适用于基因组学的研究。比如,统计学差异分析、数据的分类和聚类的可视化,以及分类模型等等。

 

京东医疗云部门马睿泽指出,Qi MetA是否可以在药厂使用?而答案是肯定的。骐骥生物团队表示,Qi MetA在前端显示是一套软件,但其后端是一个功能项目平台,有一个解决方案的代码仓库。同时,我们通过个性化设计,可以对不同客户在软件前端推送不同的解决方案和分析项目。如果针对药厂的客户,我们软件在保留统计学分析和可视化的基础上,可以个性化的推送“药代动力学”自动分析功能等等。这样我们的软件平台可以服务于医学领域各个场景的需要。

 

最后,王文军表示:“Qi MetA作为一款个性化的数据分析和挖掘软件,得到了沃特世科技(上海)有限公司的鼎力支持,以及同行、专家、学者的帮助,大家的认可和鼓励,也给我们继续向前的信心。通过这个数据平台,我们未来有信心提高代谢病分析水平,更有效地进行疾病的早期检测与临床诊断,最终成为精准医疗和智能诊断的开拓者和先驱者。”

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