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29万代谢物数据库,近50台质谱,迈维代谢已搭建大规模、差异化的代谢组及多组学平台

作者: 焦艳丽 2022-09-27 08:00
迈维代谢
https://www.metware.cn/
企业数据由 动脉橙 提供支持
代谢组技术及创新临床检测产品研发商 | B轮 | 运营中
中国-湖北
2024-04-02
海达投资
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“基因组学告诉你什么可能会发生,而代谢组学则告诉你已经发生了什么”。在2015年基因组学发展轰轰烈烈之际,唐堂独辟蹊径,前瞻性布局了代谢组学。


之前,唐堂一直聚焦基因组学方向。2015年的时候,国内基因组学发展热闹非凡,国内企业多达几百家。一个偶然的机会,唐堂结识了代谢组学专家罗杰教授,通过代谢组学数据结合其它组学进行分析,效果出乎意料的好,这让唐堂确信代谢组学是精准医疗重要方向。


目前,唐堂在2015年8月创立的迈维代谢已经是代谢组学领域的头部企业,建成了近50台质谱的代谢组、蛋白组平台以及基因组协同平台,在中美两地聚集了400多位化学、药学、生物学、医学、计算机科学等不同专业背景的团队成员,服务客户逾2000家。


基因组学之后,尚未完全释放的潜力蓝海


基因组从基因层面探寻生命活动,并不能完整回答关于人体生命活动的所有问题,还需要经过大分子蛋白、小分子代谢物的共同作用,最终形成生命体的各种活动。


代谢组学对某一生物或细胞中相对分子量小于1500 Da的小分子代谢产物进行定性和定量分析,是“后基因组学”时期新兴的一门学科,是系统生物学的重要组成部分,在生物标志物发现、药物靶点发现、药物反应和疾病机制相关的转化研究中有着重要的作用。


细胞内许多生命活动发生在代谢物层面,如细胞信号释放、能量传递、细胞间通信等都是由代谢物直接或间接参与。代谢组由最接近生物体表型的生物分子组成,通常被称为生物系统的分子表型。


代谢组学通过全面、定量检测生物样本中多种类型小分子化合物,了解在内在和外界因素作用下生物体内源性物质的变化及规律,特别适合于临床上研究机体因受到遗传、生长、生理、环境因素和异物、病源等刺激的影响而产生的变化。


借助于代谢组学技术不仅能够描述疾病发生、发展以及治疗过程中机体代谢机能的状态和变化,为临床疾病的诊断、病理机制的探索、新治疗靶点的发现等提供新的途径和思路,还可以揭示外界干扰因素对机体的影响,为药效评价和疾病病因的筛查提供基础数据。


近年来,随着灵敏度和检测通量的提高,代谢组学研究迈入了新的阶段。虽说代谢组学在临床板块还没有成熟的应用,但已有研究团队通过代谢组学筛到了少量有价值的代谢小分子,用于临床诊断。


例如,通过队列代谢组学研究发现的神经酰胺,在Mayo-Clinic、Quest已经用于心血管疾病的预后评估,中国部分医院正在针对中国人群进行相关探索工作;海外已有企业基于代谢组学筛选出的尿液Biomarker开发出相应的肠癌筛查产品,血液Biomarker开发出相应的糖尿病筛查产品等。


总的来看,代谢组学进展迅速,前景广阔,并且在科研、药物开发、临床检测上的潜力没有完全释放,是继基因组之后,精准医疗领域的新兴蓝海。


已跨越稳定性、复杂性、大规模数据库等多重障碍


即便潜力巨大,但不可回避的是,代谢组学还处于发展早期,类似于七八年前基因组学的发展状态。


唐堂表示:“做代谢组学,需要跨越代谢物检测的稳定性、复杂性,以及数据库搭建等障碍。”


首先是如何稳定地获得组学数据。基因相对来说是静态的,但代谢物变化很快,样本采集之后,在常温下将发生生化反应,带来了极大的检测稳定性挑战。针对这一问题,迈维代谢提供了样本采集的标准要求,建立了稳定可控的样本前处理体系。


其次是代谢物的复杂性。代谢物种类非常多,有氨基酸、有机酸、脂质、维生素等,不同的代谢物前处理方法不同,分离和检测方法也有差异,在同一台或少数色谱质谱上检测会带来相互干扰,进而影响数据质量。这种情况下就需要一个成规模的质谱平台,适应代谢组不同场景的检测要求。目前,迈维代谢建成了近50台质谱分析平台,满足不同方法学、不同样本的检测需求,同时保证了检测稳定性。


再次是代谢组学数据库的搭建。在保障质量控制且具备一定规模后,需要针对色谱质谱条件,建立匹配的数据库进行鉴定。就像基因组学和蛋白质组学依赖于GenBank和UniProt中的参考序列来注释基因和蛋白质一样,代谢组学也高度依赖参考化合物数据和参考谱图数据来注释代谢物。“但这个过程不能依赖公共数据库,因为公共库信息来源于不同的分离条件、不同的检测平台,其导致的出峰时间差异、碎片离子差异会影响鉴定准确性。”代谢组学本地数据库的开发是代谢组学研究的关键。


搭建大规模代谢组数据库不仅需要大量的资金投入,还需要检测大量不同物种/亚种/疾病类型、不同的组织、器官和细胞等样品,同时对研究者的谱图分析能力、仪器使用能力、算法开发能力、逻辑思维能力均有较高的要求,迈维代谢经过长时间的投入,自主创新开发了29万代谢物数据库,而且在不断增加中。人和动物有数十万种代谢物,植物有一百万种代谢物,还有很大拓展空间。


“并且,要完整探讨生命的答案,需要靠代谢组、基因组、蛋白组的结合。因此我们也建立了基因组协同平台,形成了不同组学的数据库。这时候又会涉及到多组学数据挖掘的挑战。”唐堂补充道。


到现在,迈维代谢已经形成了覆盖高通量代谢组和功能性代谢组检测,以及多组学分析的业务布局。


在科研市场,公司提供创新代谢组技术服务CRO,业务已覆盖国内34个省市自治区的科研院所、医院、工业企业,服务客户逾2000家。


针对临床,迈维代谢聚焦肿瘤早筛“液体活检”代谢试剂盒开发、慢性代谢病预后试剂盒开发。


相比正常细胞,肿瘤细胞的新陈代谢机制发生了很大的变化,生长速度快,而且可以逃逸免疫识别。简单来讲,肿瘤在代谢上有很大的差异,可以利用肿瘤代谢的特点进行早筛、辅助诊断。


迈维代谢的Frist-in-class产品之一肠癌血液代谢组检测,利用广泛靶向代谢组技术筛选出的肠癌极早期诊断标志物,在全国完成了2轮多中心实验验证,特异性0.9时,对进展期腺瘤和一期肠癌的辅助诊断灵敏度分别达0.5和0.8以上。


代谢组学研究全面深入,机遇期已到


在过去20几年里,代谢组学研究取得了明显的进步,全面深入医药、植物学、环境科学等领域去解决实际问题。


唐堂认为,未来代谢组学的发展趋势主要是三个方向,一是队列或群体样本的处理,通常情况下会遇到数万甚至十万级的队列样本,要研发出更加快速、稳定的仪器及相应的检测方法;二是多组学的联合分析研究,需要通过不同学科与技术的共同进步来促进多组学研究发展;三是新兴技术与交叉组学的发展,分析越来越复杂的同时也越来越追求精细化,分析更少量的细胞甚至单细胞,近年来时空组学的兴起也促生了时空代谢组学、单细胞代谢组学需求越来越多。


可以肯定的是,代谢组学机遇期已到。接下来,迈维代谢将面向医院、药企,提供更丰富的代谢组数据产出服务,同时面向临床,布局肠癌、胃癌、肺癌、心脑血管疾病等重大疾病的生物标志物发现,进而促进疾病诊断和药物研发。


唐堂表示:“迈维代谢的目光并不放在现有的新生儿遗传代谢病筛查、药物浓度监测等传统项目上,未来5年,公司会有一系列的创新项目快速推向市场,为疾病机制研究、精准诊疗提供独特解决方案。”

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焦艳丽

医疗行业观察者

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